2018 wurde die komplett erneuerte Dauerausstellung wiedereröffnet, die familienfreundlich und abwechslungsreich die gesamte Landes- und Kulturgeschichte Ostpreußens beleuchtet. Ein besonderes Highlight ist der Kinder- und Familienpfad mit „Ingo, dem Fischotter“, der zum spielerischen Lernen und Entdecken einlädt. Eine weitere Neuerung stellt die Deutschbaltische Abteilung dar, welche die Geschichte der Deutschbalten erstmalig museal aufarbeitet.
In der Geschichte Preußens hat Ostpreußen eine zentrale Rolle gespielt. Dies belegt bereits der Name: Die baltischen Prußen, die im Mittelalter auf dem Gebiet des späteren Ostpreußens lebten, waren für das spätere Preußen namensgebend. In Königsberg krönte sich 1701 der Kurfürst Friedrich III. zum „König in Preußen“, womit der zentrale Schritt zur Einheit des zerrissenen Territoriums gemacht war. Auch später spielte Ostpreußen für Preußen eine zentrale Rolle, etwa als Geisteszentrum mit Immanuel Kant, Joh. Gottfried Herder und E.T.A. Hoffmann, als Ausgangsort der Erneuerung mit den preußischen Reformen und den „Befreiungskriegen“ gegen Napoleon. Die gemeinsame Geschichte und der Aufstieg Preußens werden in der historischen Abteilung des Museums beleuchtet, deren inhaltliche Präsentation vom Mittelalter bis zur Gegenwart reicht. Daneben werden Landschaft, Kunst und Kultur Ostpreußens in insgesamt 17 Kapitel mit eindrucksvollen Objekten und vielen Mitmachstationen beleuchtet.